ימים חסרים הוא סיפורו של אדם חצוי בין עולמות. אליאס שמש, גיבור הסיפור, חצוי בין העולם הדתי לעולם החילוני ובין אהבתו לעיר הולדתו לאהבתו לארץ ישראל, אך מעל לכל, הוא חצוי בין שתי נשים – בין זו שהועיד לו הגורל עוד כשהיה רך בשנים, לזו שפגש והתאהב בה עד כלות נשמתו.הסיפור מתחיל בעיר בצרה שבעיראק, שם נולד אליאס, גדל ובגר, ושם חווה רדיפות ופרעות ביהודים, בתקופה שבארץ ישראל התחולל המאבק להקמת המדינה. באותם ימים מתאהב אליאס בלילה היפה, בת למשפחה אמידה ומעדיף אותה על פני בת דודו דוריס, שיועדה לו על ידי בני משפחתו. לאחר מות אביו הוא משתלב בעסקי המשפחה ועושה חיל, עד ליום שבו נוטשת משפחתו את ביתה, את רכושה ואת עסקיה ויוצאת לארץ המובטחת. בשדה התעופה מנותק אליאס ממשפחתו ונכלא בטענה של פעילות ציונית אסורה. לאחר שחרורו הוא מגיע ארצה ומגלה, לאכזבתו, כי עקבותיה של אהובתו מבצרה נעלמו. בצר לו הוא נושא לאישה את דוריס, בת הזוג שיועדה לו משחר נעוריו. בכך לא תמה העלילה. אליאס אינו מוצא מרגוע לנפשו כל עוד אינו יודע את האמת על נסיבות כליאתו בבית האסורים ואבדן אהבת חייו. הוא מחליט לעשות הכול על מנת להגיע לחקר האמת. האם תמצאנה התשובות שהוא מחפש?