"מבוי משיחי" בוחן את מצב העם היהודי הקרוע, למרות הישגיה של מדינת ישראל, בין דגם תיאולוגי-ריבוני ובין הדגם התיאולוגי-גלותי תפוצתי שמהווה לדעת הוגים וחוקרים רבים את תרומתה המדינית המקורית ביותר של היהדות. המחבר סוקר את ספרות חז"ל וספרות גדולי ההוגים של המאה ה 20- ומציע השגות הסותרות את הקריאה הציונית של תולדות עם ישראל. מעבר לספר הגות, מדובר בניתוח חריג של סוגיות העומדות מאחורי תלאותיו, ויכוחיו ואתגריו של ישראל, הן בתור מדינה הן בתור עם. אמי בוגנים עוסק בחינוך ובמחשבת ישראל. הוא חקר את תחום הכשרת האליטות המקצועיות ונמנה עם מקימי בית-ספר למנהיגות חינוכית של מכון מנדל. הוא היה בין הראשונים בישראל שעסק במשנתו של עמנואל לוינס, וייחד את עבודת הדוקטורט שלו לתגובתו לאלילות המתחדשת של מרטין היידגר. בצרפתית, פרסם ספרים על שפינוזה, וולטר בנג'מין, הרמן כהן, פרנץ רוזנצוויג, לאו שטראוס ועוד. בעברית פרסם "עמיות יהודית בעידן של גלובליזציה," "פגישה עם מחנך," ועוד. אמי בוגנים שוקד בימים אלה על חיבור מילון הבודק מחדש את מושגי היסוד של היהדות תחת הכותרת: "הדקדוק הפנימי של היהדות בעידן הגלובליזציה."