הקים וניהל במשך עשר שנים את בית הספר הדמוקרטי בחדרה, בית הספר הראשון בעולם שהשתמש בשם זה. בעקבותיו הוקמו בישראל כ-27 בתי ספר דמוקרטיים נוספים. יסד את IDEC- International Democratic Education Conference הכנס הבינלאומי לחינוך דמוקרטי שמתקיים מזה 23 שנים, בכל שנה במדינה אחרת, ומתפרס על פני כ-45 מדינות ברחבי העולם, שבהן מעל אלף בתי ספר דמוקרטיים. ב-2005 פרסם את ספרו "החינוך הדמוקרטי- סיפור עם התחלה". ב-1996 ייסד את המכון לחינוך דמוקרטי ועמד בראשו. במסגרתו הקים את המסלול האקדמי להכשרת מורים בחינוך הדמוקרטי, בסמינר הקיבוצים. ב-2010 הקים את ארגון "ערי חינוך – אמנות שיתופי הפעולה" העוסק ביצירת שיתופי פעולה החיוניים להנעת תהליכי חדשנות, בכיתה, בבית הספר, בעיר, בארץ, ובעולם. יעקב כיהן כיועץ לשרי החינוך – פרופ' אמנון רובינשטיין – בפיתוח התוכנית "בית ספר חווה דמוקרטיה" (1995-6) מר יוסי שריד - לגיבוש תכנית כוללת ל"דמוקרטיזציה וצמצום פערים במערכת החינוך בישראל" (1999-2000). פרופ' יולי תמיר - ביישום התוכנית "חינוך אישי" בכל חטיבות הביניים בארץ (2007-8). פרסים – בניהולו של יעקב הכט, בית הספר הדמוקרטי בחדרה זכה בפרס החינוך הישראלי (1994) ואות "אביר איכות השלטון" (1995). בשנת 2005 העיתון הכלכלי TheMarker בחר בהכט כאחד מעשרת האנשים המשפיעים על החברה הישראלית. בשנת 2006 ובשנת 2008 נבחר הכט כאחד מחמישים המשפיעים על מערכת החינוך בישראל. בשנת 2014 נבחר ארגון "ערי חינוך" בראשותו, על ידי המגזין WIRED, ל"דבר הבא" בתחום החינוך לשנת 2015 .