מדוע אתאיסט מושבע נכנס לכנסייה? מדוע הוא משתתף במיסה המתנהלת שם? בלב התעלומה הזאת עומדים כירורג מהולל, רופא שניחן בטביעת עין גאונית, השולט ביד רמה, שלא לומר רודנית, בסובבים אותו — ואחד הרופאים המתמחים שלו, צעיר מוכשר וסקרן בלתי נלאה שהתעלומה הזאת אינה מרפה ממנו ואינה נותנת לו מנוחה. ב־18 בינואר 1836 כתב בלזק לאהובתו מדאם אֵוֵלינָה הַנְסְקָה: "פתחתי את השנה עם 'המיסה של האתאיסט', יצירה שנולדה, נכתבה והודפסה במהלך לילה אחד". כמי שחי כל ימיו בתחושה מתמדת של חֶסֶר באהבה ובממון וחיפש בתשוקה ובלהט את שני המרכיבים הגדולים האלה של החיים, בלזק היטיב לתרגם את תחושותיו הקיומיות הבסיסיות גם בסיפור הזה. אבל מתוך כיעורם הבסיסי של החיים בכלל ושל הטבע האנושי בפרט מבליחות גם ב"המיסה של האתאיסט" נקודות אור ומהן זורמים חמלה וחום אל כל לב דואב.