הידע המדעי זורם היום בשני ערוצים נפרדים - מדעי הטבע ומדע הרוח. לאחר שנים ארוכות של פירוד מוחלט מגלה הפיזיקה המודרנית שבתחומים מסוימים העקרונות המסורתיים של מדעי הטבע אינם ישימים ואילו רעיונות מדע הרוח מתאימים יותר למציאות התת־אטומית המתגלה במעבדות המחקר. הספר חידת המציאות עוסק בנושאים המרכזיים של החקירה המדעית: מהות החומר ומהות הזמן, אופיו הפנימי של האור, מוצא החיים, החשיבה המדעית וחידת התודעה, והוא בוחן אותם מנקודת הראות המיוחדת של שני הזרמים המדעיים. יצחק בר יונה, תלמיד מדע הרוח ובוגר הטכניון, מחבר בין אלברט איינשטיין, נילס בוהר וריצ'רד פיינמן מצד אחד, לבין רודולף שטיינר, ג'ורג' איבנוביץ' גורדייף ושרי אורובינדו מצד שני, ומנסה להראות כי "מדע של הכול", משאת הנפש של חזית המחקר המדעי, עשוי לצמוח מתוך חיבור סינרגטי בין שני זרמי הידע.