במאי 1921 נרצח ברנר בפרעות שהחלו על ידי קהל אבלים בלוויה של ילד ערבי בבית הקברות הסמוך לביתו – בית אברהם יצקר, בשכונת אבו כביר שבעירו יפו. עם ברנר נרצחו גם בני משפחת יצקר, והסופרים יוסף לואידור וצבי שץ. המקום, שבאותה עת היה חלק מיפו, הוא היום רחוב קיבוץ גלויות בדרום תל אביב. כ-150 מטר ממקום הרצח עומד כעת “משכן ברנר וחבריו” – מרכז הנוער העובד והלומד, שהוא שחזור לבית יצקר וקיימת בו תערוכת הנצחה לנרצחים.
ברנר ביחד עם אחד העם הטביעו את חותמם על התרבות והלכי הרוח של הפועלים.
“בחורף” הוא רומן על החיים היהודים במאה התשע עשרה, המתאר נער יהודי העוזב את העיירה ומגיע לישיבה בעיר הגדולה, “מציץ” לעולם החיצוני והחילוני – נפגע, ונוטש את אמונתו ואת אורח החיים הדתי. הגיבור ברומן – ירמיהו פייארמן – נוסע לישיבה וחוזר הביתה, ושוב עוזב את הבית – לישיבה, וכך כמה פעמים, מן הבית לישיבה – ובחזרה, בטלטלה שאפיינה את נערותו והתבגרותו של י”ח ברנר.
